Taxonomía y Clasificación Biológica de Hongos y Levaduras

La taxonomía de los hongos representa uno de los pilares fundamentales de la micología, una disciplina fascinante que se ocupa del estudio y la clasificación sistemática de estos organismos. Este artículo explora en profundidad los principios de la taxonomía fúngica, sus evoluciones históricas, los métodos de clasificación tradicionales y modernos, y cómo orientarse en el complejo mundo de la sistemática micológica. A través de un análisis detallado de las características morfológicas, de los hábitats y de las propiedades de los principales grupos taxonómicos, se proporciona una guía completa para comprender la diversidad del reino Fungi.

Definición y Características Generales de los Hongos

Los hongos, parte del reino Fungi, son organismos eucariotas que se distinguen por su modo de nutrición y reproducción. A diferencia de las plantas, los hongos no realizan fotosíntesis. En su lugar, obtienen sus nutrientes a través de la absorción de materia orgánica descompuesta, lo que los clasifica como heterótrofos. El término “Reino Fungi” se deriva del latín “fungus”, que significa hongo. En biología, los hongos (nombre científico: Fungi; plural latino de fungus, lit. «hongos») son un grupo de organismos eucariotas entre los que se encuentran los mohos, las levaduras y los organismos productores de setas. Conforman un reino distinto al de los animales y las plantas.

Los hongos pueden ser unicelulares, como las levaduras, o multicelulares, como los mohos y las setas. Se distinguen de las plantas en que son heterótrofos y de los animales en que poseen paredes celulares, como las plantas, compuestas de quitina, en vez de celulosa. Tienen paredes celulares compuestas principalmente de quitina. Como otros eucariotas, los hongos poseen células delimitadas por una membrana plasmática rica en esteroles y que contienen un núcleo que alberga el material genético en forma de cromosomas. Este material genético contiene genes y otros elementos codificantes, así como elementos no codificantes, como los intrones. Poseen orgánulos celulares, como las mitocondrias y los ribosomas de tipo 80S. Como compuestos de reserva y glúcidos solubles poseen polialcoholes (p.e. el manitol), disacáridos (como la trehalosa) y polisacáridos (como el glucógeno, que, además, se encuentra presente en animales). Al igual que los animales, los hongos carecen de cloroplastos.

Realizan una digestión externa de sus alimentos, secretando enzimas, y absorben luego las moléculas disueltas resultantes de la digestión. A esta forma de alimentación se le llama osmotrofia, la cual es similar a la que se da en las plantas, pero, a diferencia de aquellas, los nutrientes que toman son orgánicos. La mayoría de los hongos crecen como hifas, estructuras cilíndricas y filiformes de 2 a 10 µm de diámetro y hasta varios centímetros de longitud. Aunque los hongos son opistocontos, una agrupación de organismos relacionados evolutivamente caracterizados ampliamente por un solo flagelo, todos los grupos excepto los quitridios y opistoporidios han perdido sus flagelos posteriores.

Esquema de las partes de un hongo filamentoso (micelio, hifas, esporangio) y de una levadura unicelular

Fundamentos de la Taxonomía Fúngica

¿Dónde Nace la Taxonomía de los Hongos?

La taxonomía, del griego "taxis" (ordenamiento) y "nomos" (ley o ciencia), es la ciencia que se ocupa de la clasificación de los organismos vivos. En el contexto micológico, la taxonomía de los hongos representa un campo de estudio complejo y en continua evolución, que combina observaciones morfológicas, análisis genéticos y características ecológicas para organizar y categorizar la extraordinaria diversidad del reino Fungi. Con más de 120.000 especies descritas y estimaciones que sugieren la existencia de millones de especies aún por descubrir, la taxonomía fúngica representa un desafío científico fascinante y crucial para comprender la biodiversidad de nuestro planeta.

Importancia de la Taxonomía en la Micología

La correcta clasificación de los hongos no es solo un ejercicio académico, sino que tiene implicaciones prácticas fundamentales en numerosos campos. La identificación taxonómica precisa es esencial para distinguir especies comestibles de aquellas tóxicas o venenosas, para el desarrollo de aplicaciones biotecnológicas, para la comprensión de las relaciones ecológicas y para la conservación de la biodiversidad. Además, la taxonomía proporciona el lenguaje común necesario para la comunicación científica y para el intercambio de información entre investigadores, apasionados y profesionales en todo el mundo.

Evolución Histórica de la Clasificación de los Hongos

La historia de la taxonomía fúngica refleja la evolución del pensamiento científico y de las tecnologías disponibles. Durante los siglos XVIII y XIX, Carlos Linnaeus, Christiaan Hendrik Persoon y Elias Magnus Fries clasificaron a los hongos de acuerdo a su morfología o fisiología. Desde los primeros intentos de clasificación basados exclusivamente en características macroscópicas visibles a simple vista, se pasó a la utilización del microscopio para observar estructuras reproductivas, hasta las modernas técnicas de biología molecular que analizan el ADN. Este recorrido histórico ha llevado a revisiones significativas de la clasificación, con la creación del reino Fungi separado de plantas y animales, y continuas reorganizaciones de las relaciones filogenéticas entre los diferentes grupos.

Antes del desarrollo de los análisis moleculares de ARN y su aplicación en la dilucidación de la filogenia del grupo, los taxónomos clasificaban a los hongos en el grupo de las plantas debido a la semejanza entre sus formas de vida, fundamentalmente la ausencia de locomoción y una morfología semejante. Como ellas, los hongos crecen en el suelo y el moho (que es un tipo de hongo) en los árboles, además, en el caso de las setas, forman cuerpos fructíferos que en algunos casos guardan parecido con ejemplares de plantas, como los musgos. La taxonomía de los hongos está en un estado de rápida modificación, especialmente debido a artículos recientes basados en comparaciones de ADN y ARN, que a menudo traslocan las asunciones de los antiguos sistemas de clasificación. No hay un sistema único plenamente aceptado en los niveles taxonómicos más elevados y hay cambios de nombres constantes en cada nivel, desde el nivel de especie hacia arriba y, según el grupo, también a nivel de especie y niveles inferiores.

EL INCREÍBLE MUNDO DE LOS HONGOS: {DOCUMENTAL}

El Concepto de Especie en los Hongos

Definir qué constituye una especie en el reino Fungi es más complejo de lo que pueda parecer. Tradicionalmente, el concepto de especie morfológica se basaba en características visibles como forma, color, dimensiones y estructura de las esporas. Sin embargo, con el advenimiento de las técnicas moleculares, ha emergido que muchas especies morfológicamente similares son en realidad complejos de especies crípticas, genéticamente distintas pero casi idénticas en el aspecto exterior. Esto ha llevado a la adopción de conceptos de especie filogenéticos que consideran las relaciones evolutivas y las diferencias genéticas.

Los Niveles Taxonómicos Principales

La clasificación de los hongos sigue una jerarquía de niveles taxonómicos, del más general al más específico. Esta jerarquía, establecida por el sistema linneano, incluye:

  • Reino (Fungi)
  • Filo (ej. Basidiomycota, Ascomycota)
  • Clase (ej. Agaricomycetes, Eurotiomycetes)
  • Orden (ej. Agaricales, Boletales)
  • Familia (ej. Amanitaceae, Boletaceae)
  • Género (ej. Amanita, Boletus)
  • Especie (ej. Amanita muscaria, Boletus edulis)

Cada nivel proporciona información sobre las relaciones evolutivas y las características compartidas entre los hongos clasificados en ese grupo.

La Nomenclatura Binomial

El sistema de nomenclatura binomial, introducido por Carl Linnaeus en el siglo XVIII, asigna a cada especie un nombre científico compuesto por dos partes: el género (con inicial mayúscula) y el epíteto específico (todo en minúsculas). Por ejemplo, Amanita muscaria identifica inequívocamente la oronja maléfica. Este sistema, regulado por el Código Internacional de Nomenclatura para Algas, Hongos y Plantas (ICN), garantiza que cada especie tenga un nombre unívoco reconocido a nivel internacional, superando las ambigüedades de los nombres vulgares que varían de región a región.

Principales Filos del Reino Fungi

El reino Fungi está subdividido en varios filos (o divisiones) principales, cada uno caracterizado por estructuras reproductivas específicas, ciclos vitales y características biológicas. La comprensión de estos grupos fundamentales es esencial para orientarse en la taxonomía fúngica y para apreciar la diversidad de formas, funciones y estrategias ecológicas presentes en este reino. Pese al carácter monofilético o de un ancestro común, los hongos presentan una sorprendente variabilidad morfológica, dada no solo por el aspecto sino por las dimensiones y características. Así, son hongos los Prototaxites de 6 m de altura, también lo son los mohos y levaduras, las setas (nombre que se da con precisión a los hongos macroscópicos comestibles que crecen sobre el suelo), las subterráneas trufas o los casi microscópicos, como el oídio o los de la tiña u otras micosis (ptiriasis), la roya, etc.

Diagrama de árbol filogenético mostrando la relación entre los principales filos de hongos

Basidiomycota: Los Hongos con Basidios

Los Basidiomycota constituyen uno de los filos más numerosos y conocidos del reino Fungi, comprendiendo aproximadamente 30.000 especies descritas. Este grupo incluye la mayoría de los hongos macroscópicamente visibles, como los comunes hongos de sombrero, los boletos, las amanitas, los hongos de repisa y los hongos venenosos. La característica distintiva de los Basidiomycota es la presencia de basidios, estructuras especializadas donde ocurre la meiosis y se forman las esporas externas (basidiosporas).

Dentro de los Basidiomycota, encontramos varias clases de importancia micológica:

  • Agaricomycetes: Incluye la mayoría de los hongos de sombrero con láminas o tubos.
  • Agaricostilbomycetes: Un grupo menor de hongos, a menudo parásitos de plantas.
  • Classiculomycetes: Hongos acuáticos con características intermedias.
  • Cryptomycocolacomycetes: Un pequeño grupo de hongos parásitos.
  • Cystobasidiomycetes: Incluye hongos patógenos y saprófitos.
  • Dacrymycetes: Hongos gelatinosos, a menudo presentes en la madera en descomposición.
  • Exobasidiomycetes: Incluye hongos parásitos que causan agallas en las plantas.
  • Microbotryomycetes: Comprende diversas especies de levaduras y hongos patógenos.
  • Mixiomycetes: Un pequeño grupo con características particulares.
  • Pucciniomycetes: Incluye las royas, importantes patógenos de las plantas.
  • Tremellomycetes: Hongos gelatinosos, a menudo parásitos de otros hongos.
  • Ustilaginomycetes: Comprende los carbones, patógenos de las plantas.
  • Wallemiomycetes: Hongos xerófilos que crecen en ambientes con baja actividad del agua.

Ascomycota: Los Hongos con Ascos

Los Ascomycota representan el filo más numeroso del reino Fungi, con más de 64.000 especies descritas. Este grupo incluye una extraordinaria variedad de formas y funciones, desde los hongos de copa y colmenillas hasta las levaduras, desde los mohos hasta los hongos trufa. La característica distintiva de los Ascomycota es la presencia de ascos, estructuras en forma de saco donde ocurre la meiosis y se forman las esporas internas (ascosporas).

Los principales subgrupos de los Ascomycota incluyen:

  • Pezizomycotina: El subgrupo más grande, comprende la mayoría de los hongos ascomicetos macroscópicamente visibles.
  • Saccharomycotina: Incluye las levaduras verdaderas, como Saccharomyces cerevisiae, utilizada en la panificación y en la producción de cerveza y vino.
  • Taphrinomycotina: Un grupo heterogéneo que incluye hongos patógenos de plantas y organismos con características primitivas.

Glomeromycota: Los Hongos Micorrízicos Arbusculares

Los Glomeromycota son un filo relativamente pequeño pero ecológicamente crucial, comprendiendo aproximadamente 200 especies descritas. Estos hongos forman simbiosis micorrízicas arbusculares con la mayoría de las plantas terrestres, desempeñando un papel fundamental en la absorción de nutrientes y en la salud de los ecosistemas. A diferencia de muchos otros hongos, los Glomeromycota no producen cuerpos fructíferos vistosos y sus esporas se desarrollan bajo tierra.

Zygomycota: Un Grupo en Revisión

Históricamente, los Zygomycota incluían hongos caracterizados por la formación de zigosporas de pared gruesa, resultantes de la fusión de dos gametangios. Sin embargo, estudios filogenéticos recientes han demostrado que este grupo no es monofilético, llevando a su subdivisión en varios filos separados, entre ellos Mucoromycota y Zoopagomycota. Estos hongos incluyen muchos mohos comunes como Rhizopus stolonifer, el moho del pan.

Chytridiomycota: Los Hongos Flagelados

Los Chytridiomycota representan un grupo basal de hongos caracterizados por la presencia de zoosporas flageladas, una característica única en el reino Fungi. Estos hongos son principalmente acuáticos o viven en ambientes húmedos e incluyen tanto especies saprófitas como parásitas. Algunos quitridios son conocidos por ser responsables de enfermedades devastadoras en los anfibios, como Batrachochytrium dendrobatidis, asociado al declive global de las poblaciones de ranas.

Blastocladiomycota y Neocallimastigomycota

Estos dos filos menores incluyen hongos especializados con características particulares. Los Blastocladiomycota son hongos acuáticos o de suelos húmedos, y los Neocallimastigomycota son hongos anaeróbicos obligados que se encuentran en el tracto digestivo de herbívoros, ayudando en la digestión de celulosa.

Clasificación de los Hongos por Características Ecológicas

Además de la clasificación filogenética basada en las relaciones evolutivas, los hongos pueden ser categorizados en base a su rol ecológico y al tipo de relación que establecen con otros organismos. Esta clasificación ecológica proporciona información valiosa sobre la biología de los hongos y sobre su rol en los ecosistemas, complementando la clasificación taxonómica tradicional. Según su ecología, se pueden clasificar en cuatro grupos: saprófitos, liquenizados, micorrizógenos y parásitos.

Hongos Saprófitos: Los Descomponedores

Los hongos saprófitos representan un grupo ecológicamente crucial que se alimenta de materia orgánica muerta, contribuyendo al reciclaje de nutrientes en los ecosistemas. Estos hongos secretan enzimas extracelulares que degradan complejos polímeros orgánicos como celulosa, lignina y quitina, haciendo disponibles los nutrientes en ellos contenidos para otros organismos. Los saprófitos incluyen especies que crecen en madera muerta, hojas, excrementos, restos animales y otros sustratos orgánicos en descomposición. Los hongos saprófitos pueden ser sustrato específicos (como Marasmius buxi) o no específicos (como Mycena pura). Al descomponer material orgánico, los hongos contribuyen al ciclo de nutrientes en el ecosistema. Intervienen en la dinámica del Carbono (C), Nitrógeno (N) y Fósforo (P). Para degradar compuestos complejos como la celulosa y la lignina, los hongos saprótrofos producen celulasas, celobiohidrolasas, hemicelulasas y β-1,4-glucosidasa, así como peroxidasas y fenol-oxidasas para la lignina.

Hongo saprófito creciendo sobre un tronco caído en el bosque

Hongos Micorrízicos: Los Simbiontes

Los hongos micorrízicos forman asociaciones simbióticas mutualísticas con las raíces de las plantas, en las que el hongo proporciona a la planta nutrientes minerales y agua a cambio de carbohidratos. Esta simbiosis es fundamental para la salud y el crecimiento de la mayoría de las plantas terrestres y representa una de las relaciones ecológicas más importantes en los ecosistemas. Se estima que más del 90% de las especies vegetales forman micorrizas con hongos del suelo. Los simbiontes pueden ser hongos liquenizados o basidiolíquenes. Su capacidad para descomponer materia orgánica y formar relaciones simbióticas, como las micorrizas y los líquenes, subraya su importancia en la sostenibilidad de los ecosistemas.

Existen diferentes tipos de micorrizas:

  • Micorrizas arbusculares (formadas por hongos Glomeromycota)
  • Micorrizas ectomicorrízicas (formadas principalmente por Basidiomycota y algunos Ascomycota)
  • Micorrizas ericoides (asociadas a plantas de la familia Ericaceae)
  • Micorrizas orquidoides (esenciales para la germinación de las orquídeas)

Los hongos ectomicorrízicos inhiben la descomposición de la materia orgánica del suelo cuando el mantillo es de baja calidad, fenómeno conocido como efecto Gadgil. Principalmente, los hongos ectomicorrízicos degradan la materia orgánica para buscar los compuestos con Nitrógeno inmovilizado en compuestos polifenólicos (como proteínas, inositol fosfato, fosfolípidos, ácidos nucleicos) dejando libre las moléculas de carbono. También, los hongos están involucrados en el metabolismo del Fósforo (P) presente en los fosfolípidos. Los hongos ectomicorrízicos y arbusculares movilizan las formas minerales y orgánicas del fósforo en el suelo, lo que afecta la recaptura por parte de las plantas.

Hongos Parásitos: Los Explotadores

Los hongos parásitos obtienen nutrientes de organismos vivos, causando a menudo enfermedades y daños. Estos hongos pueden ser parásitos obligados, capaces de vivir solo a expensas de un huésped vivo, o parásitos facultativos, que pueden vivir tanto como parásitos como saprófitos. Los hongos parásitos incluyen patógenos de plantas, animales y otros hongos, y pueden tener impactos significativos.

La Revolución Molecular en la Taxonomía Fúngica

A partir de los años 90, la introducción de las técnicas de biología molecular ha revolucionado la taxonomía de los hongos. El análisis del ADN ha permitido establecer relaciones filogenéticas basadas en similitudes genéticas, superando muchas de las limitaciones de los solo caracteres morfológicos. Los marcadores genéticos más comúnmente utilizados incluyen las regiones ITS (Internal Transcribed Spacer) del ADN ribosómico, que representan el "código de barras" estándar para la identificación de los hongos, además de genes como LSU (Large Subunit), SSU (Small Subunit), RPB1, RPB2 y TEF1.

Infografía explicando el proceso de secuenciación de ADN para clasificación de especies

Avances en la Taxonomía de Hongos Patógenos

En los últimos años, la taxonomía de los hongos causantes de infecciones en el hombre ha cambiado sustancialmente, especialmente debido al rápido desarrollo de las técnicas de secuenciación de ADN, que han permitido avanzar en el conocimiento de las relaciones filogenéticas entre estos microorganismos. El número de especies fúngicas potencialmente patógenas ha sufrido un aumento espectacular, siendo muchas de ellas especies crípticas que forman parte de complejos de especies que han sustituido a lo que antes eran consideradas como simples morfoespecies. Esto ha ocurrido en diferentes géneros de mucorales y especialmente de ascomicetes tales como Aspergillus, Fusarium, Sporothrix y Scedosporium, entre otros.

Ello implica que la correcta identificación de los nuevos patógenos suele ser especialmente importante para el diagnóstico de la infección y para el tratamiento adecuado del paciente, ya que estas especies pueden diferir en virulencia y en su respuesta a los antifúngicos. Es frecuente que dichas especies difieran en virulencia y en su respuesta a los antifúngicos, por lo que su correcta identificación es de especial importancia para el adecuado tratamiento del paciente.

Reorganización de Grupos Superiores

Entre los descubrimientos más importantes que han propiciado los análisis moleculares debemos señalar el reconocimiento de dos parásitos tradicionales, Pneumocystis y Microsporidium, como organismos fúngicos, y la exclusión de Pythium y Rhinosporidium del reino Fungi, integrándose en los reinos Chromalveolata y Protozoa, respectivamente. En la actualidad, el reino Fungi se divide en dos subreinos: Dykaria, el cual agrupa las divisiones Ascomycota y Basidiomycota, y el llamado «Hongos Basales», que agrupa al resto de los hongos.

Cambios en Géneros Específicos

  • Mucorales: Dentro de este orden se encuentran algunos géneros de hongos patógenos importantes. Se han producido pocos cambios taxonómicos en Rhizopus, pero sí en géneros como Lichtheimia y Mucor. Especies termotolerantes antes conocidas como Absidia, ahora se incluyen en Lichtheimia. También géneros como Apophysomyces y Saksenaea han demostrado ser complejos de especies a través de estudios polifásicos.
  • Ascomycota (Levaduras): A la división Ascomycota pertenecen la mayoría de hongos patógenos, tanto los levaduriformes como los filamentosos. En los últimos años, ha habido un incremento espectacular de las infecciones por Candida (Saccharomycetales), especialmente las fungemias nosocomiales, con un aumento significativo de especies diferentes a Candida albicans, como C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis y C. krusei. Muchas de estas son especies crípticas, como Candida dubliniensis o las especies gemelas C. metapsilosis y C. orthopsilosis, o C. nivariensis y C. bracarensis, diferenciables solo por métodos moleculares.
  • Dermatofitos: Los estudios moleculares han demostrado que los cuatro géneros anamórficos tradicionales de la familia Arthrodermataceae (Onygenales): Trichophyton, Microsporum, Epidermophyton y Chrysosporium, no son todos ellos monofiléticos. Especies como Trichophyton rubrum y T. soudanense, antes consideradas distintas, son ahora la misma especie.
  • Aspergillus: El género Aspergillus, perteneciente al orden Eurotiales (clase Eurotiomycetes), incluye más de 250 especies, a 20 de las cuales se les atribuyen infecciones oportunistas.

Taxonomía Integrada: El Futuro de la Clasificación

Hoy, la tendencia es hacia una taxonomía integrada que combina datos morfológicos, ecológicos, fisiológicos y moleculares. Este enfoque holístico permite construir clasificaciones más robustas y biológicamente significativas, que reflejan no solo las similitudes genéticas sino también las diferencias ecológicas y funcionales. La taxonomía integrada reconoce que, aunque el ADN proporcione información valiosa sobre las relaciones evolutivas, los caracteres morfológicos y ecológicos permanecen esenciales para comprender la ecología, la distribución y la identificación en el campo de las diferentes especies.

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