Desde los puertos de la Costa Caribe y accediendo a través del río Magdalena hacia el interior, los colonos españoles llegaron en 1537 al centro del país, donde Gonzalo Jiménez de Quesada fundó lo que hoy en día es la ciudad de Bogotá. En los años del dominio indígena, la región era habitada por los muiscas y era conocida como Bacatá, una de las divisiones políticas de la Confederación Muisca.
El 6 de agosto de 1538, Jiménez de Quesada estableció el asentamiento militar allí, aunque entonces aún no se había fundado formalmente Bogotá. Para entonces, dos conquistadores llegaban a las antiguas tierras de Bacatá: Nicolás de Federmán y Sebastián de Belalcázar.
El contexto precolombino: La Confederación Muisca
Antes de la llegada de los españoles, el altiplano cundiboyacense fue hogar de diversas culturas. Desde el 10 500 a. C., la cultura abriense se desarrolló en la región, sustentándose de la caza y recolección. Para el 3500 a. C., se registran actividades hortícolas, de alfarería y la domesticación del curí. Los muiscas, provenientes de una migración de origen chibcha, llegaron en el siglo IX y se mezclaron con la población anterior.
El territorio ocupado por la confederación muisca se extendía durante la colonización española. Su superficie se aproximaba a los 14 000 km². En la cúspide de su estratificación social se encontraba el zipa, seguido por los chyquy (sacerdotes) y los uzaques (caciques menores), seguidos por los güechas (guerreros), artesanos, mercaderes y campesinos. En su territorio habitaban unos dos millones de personas, repartidas en cinco federaciones independientes, siendo la más fuerte Bacatá, que ocupaba el 40 % del territorio.
La expedición de Gonzalo Jiménez de Quesada
Gonzalo Jiménez de Quesada, nacido en Granada hacia 1506, era un letrado y jurisconsulto que empleó tanto la pluma como la espada para conquistar y fundar un reino sobre bases jurídicas. Como teniente general del adelantado Pedro Fernández de Lugo, gobernador de Santa Marta, llegó a esta ciudad hacia 1535.
El 5 de abril de 1536 se movilizó la expedición terrestre, y el Jueves Santo siguiente, 6 de abril, partió la flotilla de cinco bergantines y dos carabelas que se aventuraron río Magdalena arriba. El viaje fue de una dureza extrema, marcado por la selva bravía, el aire inclemente, animales feroces, lagunas hondas y prolongadas. Los expedicionarios sufrieron hambre, desnudez y desfiguración por las espinas, picaduras de tábanos y jejenes. Comieron frutos y raíces silvestres que enfermaron a muchos, y murieron por ataques de tigres y picaduras de culebras. Cruzaban a nado ríos y esteros.
En una ocasión, la expedición se despertó sobresaltada por los gritos de un compañero llamado Serrano, mordido por un tigre. A pesar de poner el lecho a una altura que creían segura, al amanecer solo encontraron manchones de sangre. Estas penalidades debilitaron el ánimo de muchos, que proponían volver a Santa Marta. Ante esto, "Quesada dixo que había de morir en la demanda o descubrir buena tierra". Fray Domingo de Las Casas, respetado por su reciedumbre y espíritu misionero, los animó en dos ocasiones, incluso celebrando una misa por el buen suceso.
Prosiguieron por tierras yaguas hasta que un indio venturoso les adelantó primicias y ofreció claras señales de un afortunado desenlace. Enviados al Opón veinte exploradores bajo el mando del capitán Juan Sanmartín, encontraron bohíos, panes de sal, y mantas finas de algodón. Quesada, interpretando esto como indicio de una superior cultura, fue con sesenta hombres a explorar la zona. Lebrija y Céspedes, por orden suya, ascendieron por la sierra y descubrieron tierra limpia y de clima suave.
El sufrimiento de tantas miserias con la esperanza puesta en el futuro se vio sustentado por hallazgos en chozuelas y relatos de una india que dio nuevas noticias de las tierras de Nemocón, de donde se traía la sal. Aun vencidos en la contienda con la naturaleza, muchos encontraron el reposo final al divisar las altas serranías de Cundinamarca, muriendo con la vista fija en la tierra de promisión. Treparon por desfiladeros selváticos, a menudo con sogas y a tirones para subir enseres y caballos.
Hubo episodios de conmovedora humanidad. Un soldado enfermo, temeroso de morir solo y abandonado, se despidió de su hijo. Francisco de Tordehumos, muy enfermo, fue dejado por sus compañeros, pero días después, sano y vigoroso, alcanzó a sus camaradas, atribuyendo su recuperación a un milagro de la Virgen del Rosario. Zamora alude a este personaje, quien relató haberse encomendado a Dios y haber visto aparecerse una bellísima señora que le aseguró que no moriría hasta ver el fin de su jornada.
Tras ocho meses de increíbles torturas, a principios de 1537, ganaron las serranías del Opón. El 2 de marzo de 1537, tras once meses de viaje y 702 kilómetros recorridos, llegaron a Vélez (Chipatá), donde levantaron la cruz y dieron gracias a Dios. En enero de 1537, fray Domingo de Las Casas celebró la primera misa que santificó aquella tierra.

La Fundación de Santa Fe de Bogotá
La crónica relata que, al divisar desde lo alto de la serranía del Opón las pintorescas poblaciones y plantíos de los indígenas, Quesada se arrojó de rodillas a la tierra y entonó su plegaria de acción de gracias. El sentido misionero que lo guiaba brillaba con intensidad. Ante la idea de regresar ante la dureza de atravesar las sierras del Opón, Quesada arengó a sus hombres: "Que no se hablase en tan gran poquedad; que no era tal flaqueza permitida a los españoles... que los que quedaban eran para quien Dios tenía aparejada muy buena ventura, y aquella tierra nueva que les mostraba, donde le pudiesen servir y descansar... Y que cuando tanta falta sus pecados le dejasen ver en ellos, que aunque no le quedasen sino mucho menos, no entendía volver atrás hasta hacer algún servicio a Dios y a su Rey, y descubrir aquella tierra que Nuestro Señor les había mostrado para que Cristo y su fe sagrada fuese servido y aumentada".
Gonzalo Jiménez de Quesada, quien nació en Granada, España, en 1509 y murió en Mariquita, Tolima, el 16 de febrero de 1579, era un hombre de gran temple. Se le describe como un hombre de leyes y de letras, no inferior en el manejo de las armas a los Pizarros y Corteses, pero superándolos en habilidad política y diplomacia. Poseía fortaleza de alma y cuerpo, fe cristiana inquebrantable, y sentía piedad para el indígena y amistad cordial para con sus compañeros.
En la búsqueda de un nuevo sitio para asentar la tropa, Pedro Fernández de Valenzuela, enviado por Jiménez, encontró el lugar en Thybzaquillo (Teusaquillo), sitio de recreo y mirador del zipa. Allí se instalaron. El sitio será luego la plaza del Chorro de Quevedo, o sus inmediaciones. Se le dio el nombre de Nuestra Señora de la Esperanza, o Santa María de la Esperanza. Sin embargo, Bogotá aún no se había fundado formalmente.
El primer momento de la fundación ocurrió cuando Jiménez de Quesada, en presencia de indios, capitanes y soldados, tomó posesión del sitio y tierra en nombre del Emperador Carlos Quinto para fundar allí una ciudad en su nombre. En los días siguientes se erigió una ermita y doce casas de paja, recordando a los doce apóstoles o las doce tribus de Israel.
El 6 de agosto de 1538, día de la Transfiguración del Señor, se funda la ciudad. La ermita de paja, primera iglesia, fue reedificada y tomó el nombre de capilla del Humilladero. El acta de fundación original no se conserva, y los detalles se conocen a través de cronistas como Fray Pedro Simón, Juan de Castellanos, Fray Pedro de Aguado, entre otros.

Seis meses después de la fundación del 6 de agosto, en febrero de 1539, arribaron Sebastián de Belalcázar, proveniente del sur, y Nicolás de Federmán, desde Venezuela. El encuentro fue amistoso, y Jiménez de Quesada, seducido por la reflexión de Belalcázar de haber erigido más pueblos, decidió realizar una segunda fundación con mayor formalidad jurídica.
La fundación del 6 de agosto había pasado por alto requisitos españoles como la demarcación de cuadras, calles, repartición de solares y designación de autoridades. En esta segunda oportunidad, Jiménez señaló calles, plazas y solares, ubicó la iglesia y designó alcaldes, regidores y alguacil mayor. Llevó a cabo la fundación jurídica el 27 de abril de 1539 en terrenos de lo que sería la Plaza Mayor, hoy Plaza de Bolívar. Asistieron los tres conquistadores. Se mantuvo el nombre: Santafé, en homenaje a la Santafé de Granada, de la que Jiménez fue vecino, y se llamó a la tierra conquistada Nuevo Reino de Granada.
Según la historia que contó Fray Pedro Simón en 1623, la escogencia de la tierra en la que se fundó Bogotá respondió a “las comodidades que en él hallaron, que son las que debe tener una ciudad cuerdamente poblada, porque el suelo tiene la altura de que ha de menester para que corran las aguas sin empantanar las calles y plazas […], dos quebradas de dulcísima y saludable agua que se descuelgan de lo alto de la sierra, la una tan abundante que aún en años que no son de aguas sustenta las moliendas de la ciudad, mucha piedra para los edificios, la leña que ha menester, buenos aires […] es el cielo de ordinario, las vistas de la ciudad a la parte del poniente y norte largas y extendidas sin estorbo de nada.”
Consolidación y primeros desarrollos de Santafé
Por Real Cédula del rey Carlos I de España se elevó a Santafé a la categoría de ciudad el 27 de julio de 1540. El cabildo de Santafé ya había sido establecido en 1539. En 1549, por Real Cédula, se dispuso la manera como se debía recibir en Santafé el real sello. El 7 de abril de 1550 se estableció la Real Audiencia y la Silla Arzobispal, otorgando a Bogotá el rango de capital, centralizando allí los poderes administrativos, judiciales, políticos y eclesiásticos para el territorio del Nuevo Reino de Granada.
Ese mismo año se fundaron la iglesia de Santo Domingo y la de San Francisco, y en 1554 la de Veracruz. La plaza mayor fue desde un principio el lugar de congregación del poder civil y eclesiástico, y epicentro urbano. La plaza de las Yerbas, que luego se llamó de San Francisco y finalmente parque de Santander, fue donde se realizaron las primeras construcciones residenciales para personajes distinguidos.
Los primeros alcaldes fueron Juan de Arévalo y Jerónimo de Lainza. Entre las primeras órdenes religiosas instaladas se encuentran la de San Francisco y Santo Domingo, ambas en el entorno de la plaza de las Yerbas. En 1563 los frailes dominicos crearon la primera cátedra de Gramática y pocos años después la de Filosofía. Durante este periodo hubo una importante actividad artística e intelectual, aunque la actividad decayó en la segunda mitad del siglo. A finales de este periodo, Bogotá consolidó su núcleo urbano hasta finales del siglo XIX, dividido por ríos y quebradas.